贝壳的颜色主要来源于其所含的色素，这些色素一部分是贝类自身合成的，一部分来自食物。例如，某些贝类食用含特定色素的藻类后，色素会在贝壳中沉积，从而使贝壳呈现出相应的颜色。此外，贝壳的结构对光的折射和反射也会影响其视觉颜色。
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